Ursache einer Analfissur ist üblicherweise das Einreißen der Analschleimhaut bei der Passage zu harten Stuhles, welcher vorwiegend durch eine chronische Verstopfung hervorgerufen wird.
Eine Verstopfung (Obstipation) kann sich je nach Ausprägung in unterschiedlichen Symptomen zeigen. Die Patienten leiden zu Beginn unter Völlegefühl und allgemeinem Unwohlsein, der Bauch kann gebläht sein. Häufig ist der Stuhlgang schwierig, oft schmerzhaft, und meist werden viele kleine und harte Kotportionen ausgeschieden. Als Verstopfung wird eine erschwerte und zu seltene (weniger als 3x wöchentliche) Darmentleerung bezeichnet. Ursachen sind krankhafte Veränderungen des Darmes, Fehlernährung, mangelnde Flüssigkeitszufuhr, Stoffwechselstörungen oder Störungen des Elektrolythaushaltes (häufig Kaliummangel); geringe körperliche Bewegung wirkt dabei begünstigend. Auch nach Bauchoperationen kann es in Folge von Verwachsungen oder fehlender Peristaltik zu einem Passagehindernis des Stuhlgangs kommen. Eine weitere Form der Obstipation ist das obstipations-prädominante Reizdarmsyndrom.
Darüber hinaus können die Einrisse in der Analschleimhaut auch bei Entzündungszuständen durch einen Elastizitätsverlust der Analhaut entstehen. Dabei liegt häufig eine benachbarte kryptoglanduläre Entzündung vor, die im Wesentlichen auf flüssigem Stuhl oder vermehrtem analem Schleimabgang durch Darmerkrankungen beruht.
Letztlich sind regelmäßig auch Sexualpraktiken wie das Einführen von Gegenständen, Fisting oder Analverkehr aber auch die Geburt eines Kindes Ursachen für eine Analfissur, da durch die starke Dehnung die Haut der Analregion einreißt.